虽然离Windows Server 2008 R2的发布还有一段时间，但Windows Server 2008 R2的一些功能正在陆续被解密。其中，最受争议的新功能是虚拟机迁移。微软抓住机会表明，Hyper-V正在缩小和Vmware虚拟机的差距。
但是对于用户而言，除了虚拟机外Windows Server 2008 R2还有很多功能值得关注。这些重要的功能包括通过IIS对网络及终端桌面进行系统的布局；R2和即将发布的Windows 7之间的虚拟化协作、不需要通过VPN远程访问企业内网，以及直接存储等。而实现这些都需要使用IPv6协议。
Hyper-V功能主要有2个方面的性能改进：首先，它现在可以支持32个逻辑处理器（即内核），提高了支持CPU的上限，使得大型数据中心有更好的机会来虚拟化他们的高性能计算机；其次是改善了虚拟机的迁移，它可以使用户在移动虚拟机，例如从一台服务器到另一台服务器时，很少或几乎没有服务中断。在虚拟机迁移时，用户依旧可以保持联机和工作。虽然他们也可能会发现到其中会有一个小停顿，但迁移的过程将几乎是完全透明的。
事实上，除了因为此前微软发布了虚拟化产品路线图而必须要给市场和用户有个交待外，虚拟机的迁移究竟有多大的用处呢？到底有多少用户会经常将应用从这个硬件迁移到另一个硬件呢？除非当前的虚拟主机上有了太多的应用或者虚拟机不得不为系统资源而互相竞争了，用户才会进行虚拟机的迁移。而且，如果迁移时不需要中断一直运行的应用，那就会更加得到用户的支持。
Windows Server路线图
此外还有其它的原因会促使虚拟机需要进行迁移。例如，企业的网络发生了小的故障，这时用户就需要将一些比较重要的应用迁移到正常工作的网络上，以便不影响业务的正常开展，同时也方便找出问题网络的症结所在。再例如，企业需要定期对主机进行维护，这样Hyper-V虚拟机同样会进行定期维护，而维护往往意味着系统的重启。而即使是在路由器级的网络性能维护中，虚拟机也能安全地迁移到另外一台上。
以上例子说明，原来看似不太需要的虚拟机迁移，将来完全有可能变成最重要的一个功能，因为它能有效减少用户及业务中断的次数。而且，企业中的虚拟服务器也会越来越多。
强大的服务器内核
Windows Server 2008最好的功能之一就是服务器内核。该功能允许用户可以根据自身的需求，选择安装一个精简版的Windows主机。例如只有DNS或Active Directory功能，而没有其他的复选框。安装这些主要的服务器内核，企业将会大大减少受到攻击的机率，同时提高了服务器的性能。在Windows Server 2008 R2里，服务器内核现在支持.NET和IIS。后者就像在服务器内核中用塞子塞住了一个巨大的黑洞。而如果是用来做WEB服务器的话，那它就会大大受益于这种减少的网络攻击。
服务器内核允许用户在没有ASP.Net的情况下运行IIS，所以ASP.Net成为了一个可选的安装。服务器内核还通过对PowerShell的管理，加强了对.NET的支持，这是另外一个飞跃。
除了运行在服务器内核外，IIS会通过R2中IIS 7.5的推出而得到新的升级。当然，有些信息显示IIS 7.5有可能会被推迟发布，但它的确让人看到了IIS未来会有着更好的发展。例如，微软已经开发了若干的PowerShell管理工具，以使得Web服务器的日常管理工作自动化。
IIS 7.5
每个IIS管理员都将会体会到自动化备份IIS元数据和内容的好处。但是对于大型主机服务，自动化地创建和管理网站、应用程序和安全设置将是越来越迫切的共鸣。现在，企业在多台服务器上部署WEB应用时，将不再会分配专门的人力资源来建立新的客户，或者冒不可避免的人为错误的风险。
域控制和远程桌面服务
有些人会认为Windows Server 2008 R2仅仅是一个服务的发布，但实际上它引入了一种新功能级别的域控制器。只要充分利用R2中Active Directory的新增功能，企业就可以将网络中的域控制提升到一个新的水平。
在这些新的改进中，最实用的是“加入域”这个功能。在部署期间用户不再需要手动加入域。相反，用户只要创建一个答文件，安装程序就会将服务器自动加入到指定的域里。事实上，服务器甚至不必物理连接到网络同样可以加入到域里。它可以在部署过程中加入，然后成为一个配置域成员时启动。这是远程部署时必不可少的功能，将逐渐成为规范，并将控制权继续下放。
另一个令人兴奋的增强功能是新的Active Directory回收站。当用户删除Active Directory的项目时，被删除的对象就进入回收站，而用户今后如果想需要就可以恢复这个项目。
在Windows Server 2008 R2中，终端服务被命名成了一个新名字—远程桌面服务，并赋予了一些很酷的新功能。其中最令人印象深刻之一的是RemoteApp，它允许用户连接安装在服务器上的应用并运行它们，而给人的感觉好象它们是安装在本地终端上一样。其连接是通过远程桌面协议来实现的。
通过RemoteApp功能在客户端上建立远程应用并运行它们是很简单的事情。除了单一的应用程序，用户还可以通过远程桌面服务建立整个客户端的桌面应用。在这种情况下，新建立的远程应用出现在用户的客户端系统上，就和桌面上的常规项目一样。用户有可能从来没有意识到这些并不是本地的应用。远程桌面服务开始让安装企业应用和服务应用之间的界限变得模糊不清起来。
超级脚本
PowerShell的升级也将被宣布是Windows Server 2008 R2的一部分。PowerShell2.0配备了十几个新的cmdlet以及一些重要的新功能。下面重点介绍其中的两个。
首先是远程。PowerShell2.0将允许远程调用服务器和运行脚本，就像用户掌握着控制台一样。这种远程调用还会让许多其它的应用受益。
其次是执行。这意味着用户可以指定一个漫长的程序里的每一个执行步骤，或将完成的所有步骤都回滚在一起执行。用户在编写了一系列可执行的脚本后,如果运行失败,则所有的脚本都会回滚回去，系统同时自动将服务器或数据清理。这是多年来数据库管理员一直在做的事情。Windows Server 2008本身已经利用交互式NTFS格式进行数据传输，但现在PowerShell支持这种方式，并突破了原来的限制。
Windows Server 2008 R2通过增加对IIS和.Net的支持，完善了服务器内核的功能。这反过来又促进PowerShell借用这些新的改进。此外，Windows服务器整合的努力由于Hyper-V 2.0和虚拟化迁移的推出而受到了市场的欢迎，同时远程桌面服务也让一些服务商看到了新的机会。
目前来看,并不是每个人都将会从IIS 7.5中立刻获益，或感到迫切需要升级他们的Active Directory。此外，Windows Server 2008 R2的其他好处，比如分公司缓存和DirectAccess，都需要Windows 7和Windows Server R2之间的相互配合才能实现。